提到嵌入式Linux，首先就是他的开源，任何人都是可以查看他的源代码的，这使得他特别的安全，而Windows则不开源，所以你要经常的打补丁，修补漏洞之类的。其次，嵌入式Linux内核优化的好，没有哪个嵌入式Linux需要右键的刷新键(红旗嵌入式Linux是为了国人的使用习惯加的)，而windows则不同，微软的系统非常的复杂，而且运先行效率相对嵌入式Linux要低很多。虽然嵌入式Linux在桌面市场没有优势(只占1%多一点的占有率)，但他在服务器行业的地位那是的(20%多)。嵌入式Linux占用系统资源特别少，早期的嵌入式Linux，64M内存就能跑的很流畅，这也是他的优势。
1.模块化程度高
嵌入式Linux的内核设计非常精巧，分成进程调度、内存管理、进程间通信、虚拟文件系统和网络接口五大部分;其独特的模块机制可根据用户的需要，实时地将某些模块插入或从内核中移走，使得嵌入式Linux系统内核可以裁剪得非常小巧，很适合于嵌入式系统的需要。
2.源码公开
由于嵌入式Linux系统的开发从一开始就与GNU项目紧密地结合起来，所以它的大多数组成部分都直接来自GNU项目。任何人、任何组织只要遵守GPL条款，就可以自由使用嵌入式Linux源代码，为用户提供了限度的自由度。这一点也正投嵌入式系统所好，因为嵌入式系统应用千差万别，设计者往往需要针对具体的应用对源码进行修改和优化，所以是否能获得源代码对于嵌入式系统的开发是至关重要的。加之嵌入式Linux的软件资源十分丰富，每种通用程序在嵌入式Linux上几乎都可以找到，并且数量还在不断增加。这一切就使设计者在其基础之上进行二次开发变得非常容易。另外，由于嵌入式Linux源代码公开，也使用户不用担心有“后闸”等安全隐患。同时，源码开放给各教育机构提供极大的方便，从而也促进了嵌入式Linux的学习、推广和应用。
3.广泛的硬件支持
嵌入式Linux能支持x86、ARM、MIPS、ALPHA和PowerPC等多种体系结构的微处理器。目前已成功地移植到数十种硬件平台，几乎能运行在所有流行的处理器上。由于世界范围内有众多开发者在为嵌入式Linux的扩充贡献力量，所以嵌入式Linux有着异常丰富的驱动程序资源，支持各种主流硬件设各和的硬件技术，甚至可在没有存储管理单元MMU 的处理器上运行，这些都进一步促进了嵌入式Linux在嵌入式系统中的应用。
4.安全性及可靠性好
内核高效稳定。嵌入式Linux内核的高效和稳定已在各个领域内得到了大量事实的验证。嵌入式Linux中大量网络管理、网络服务等方面的功能，可使用户很方便地建立高效稳定的防火墙、路由器、工作站、服务器等。为提高安全性，它还提供了大量的网络管理软件、网络分析软件和网络安全软件等。
5.具有的开发工具
开发嵌入式系统的关键是需要有一套完善的开发和调试工具。传统的嵌入式开发调试工具是在线仿真器(InCircuitEmulator，ICE)，它通过取代目标板的微处理器，给目标程序提供一个完整的仿真环境，从而使开发者能非常清楚地了解到程序在目标板上的工作状态，便于监视和调试程序。在线仿真器的价格非常高，而且只适合做非常底层的调试。如果使用的是嵌人式嵌入式Linux，一旦软硬件能支持正常的串口功能，即使不用在线仿真器，也可以很好地进行开发和调试工作，从而节省了一笔不小的开发费用。嵌入式嵌入式Linux为开发者提供了一套完整的工具链(Tool Chain)，能够很方便地实现从操作系统到应用软件各个级别的调试。
6.有很好的网络支持利文件系统支持
嵌入式Linux从诞生之日起就与Internet密不可分，支持各种标准的Internet网络协议，并且很容易移植到嵌入式系统当中。目前，嵌入式Linux几乎支持所有主流的网络硬件、网络协议和文件系统，因此它是NFS的一个很好的平台。另一方面，由于嵌入式Linux有很好的文件系统支持(例如，它支持Ext2、FAT32、romfs等文件系统)，是数据各份、同步和复制的良好平台，这些都为开发嵌入式系统应用打下了坚实的基础。
7.与UNIX完全兼容
目前，在嵌入式Linux中所包含的工具和实用程序，可以完成UNIX的所有主要功能。但由于嵌入式Linux不是为实时而设计的，因而这就成了嵌入式Linux在实时系统中应用的遗憾。不过，目前有众多的自由软件爱好者正在为此进行不懈的努力，也取得了诸多成果。稳定性和高效性：因为 嵌入式Linux 是由 Unix 发展而来，因此 嵌入式Linux 与 Unix 有许多相似之处，不只是用户接口和操作方式，嵌入式Linux 还继承了 Unix 卓越的稳定性和高效性。对于使用 嵌入式Linux 作为操作系统的服务器，连续运行一年不宕机是相当平常的事情。嵌入式Linux 对硬件的要求很低，它可以在数年前的电脑上很流畅的运行。使用 Windows，则需要不断升级机器的硬件。
免费或者少许费用：嵌入式Linux 基于 GPL，因此任何人可以免费使用或者修改其中的原代码。只有在选择某些厂商制作的 嵌入式Linux 的发行版时，才会需要一点点费用。
强大的支持：大量的 嵌入式Linux 爱好者会进行交流讨论，并且开发分享一些好的软件，有非常开放的使用氛围。
安全性：嵌入式Linux 拥有相当庞大的用户和社区支持，因此能很快发现系统漏洞，并迅速发布安全补丁。
真正的多用户：嵌入式Linux 实现不同的用户共同登录系统，并且资源分享比较公平。而不是像 Windows 那样的伪多用户操作系统，如果需要登录更多的用户，要么退出当前用户，要么向微软购买多用户授权。
嵌入式Linux 还有许多其它优点，如强大的网络支持、方便的控制台操作等等，虽然整体上而言 嵌入式Linux 做得很好，但它依然还是存在一些不足之处。